Pierwsza siedziba naszej szkoły mieściła się przy ulicy Tumskiej 24. Do pierwszej klasy zgłosiło się trzydziestu sześciu uczniów. Jednak z powodu przeniesienia się jej założyciela do Torunia, szkołę zamknięto cztery lata później. Potem wielokrotnie próbowano wznowić jej działalność, lecz bezskutecznie. Dopiero w 1881r. nauczyciel Santor wraz z pastorem Wiebe zakładają ponownie prywatną szkołę, która rok później uzyskuje uprawnienia państwowe. Liczba uczniów wzrasta do siedemdziesięciu dwóch. Szkoła ponownie została przeniesiona, tym razem na parter nowo wybudowanego gimnazjum żeńskiego (dzisiejsza Szkoła Podstawowa Nr 2).
W czasie zaborów ziemia chełmińska dostała się pod panowanie państwa pruskiego. W związku z tym, że jednym z głównych zadań szkolnictwa było wówczas ugruntowanie niemczyzny i germanizacja Polaków, w 1907r. szkoła została całkowicie przejęta przez Niemców, a jej nazwę zmieniono na Królewskie Progimnazjum Realne.
W 1908r. architekt Feliks Voss z Torunia wykreślił plany nowego budynku szkoły gimnazjalnej i sali gimnastycznej. Już dwa lata później, czyli 25 maja 1910r., dokonano otwarcia gmachu znajdującego się przy dzisiejszej ulicy Hallera 23. Głośna stała się uroczystość ze względu na wystąpienie doktora Pilatowskiego, który na stwierdzenie przewodniczącego Miejskiej Rady, hakatysty, adwokata Petersa, iż ziemia chełmińska jest rdzennie niemiecką, rzucił mu krzesłem w głowę mówiąc, że polska ziemia, to ta, na której stoi.
Wybuch I wojny światowej i przegrana w niej Niemiec doprowadziły do tego, że polscy gimnazjaliści przekradali się przez granice i brali udział między innymi w zwycięskim zrywie wielkopolskim, a inni przeciwstawiali się bezprawiom bandyckiego „Grenzschutzu”, który terroryzował ludność Chełmży. Po wkroczeniu Wojska Polskiego do miasta 21 stycznia 1920r., przeprowadzono w gimnazjum całkowitą repolonizację. W 1924r. trzynastu uczniów otrzymało pierwsze świadectwa maturalne.
W okresie międzywojennym gimnazjum było dobrą szkołą wychowania obywatelskiego i sportowego. Znaczną rolę odegrały tu organizacje szkolne: 24. Pomorska Drużyna Harcerska im. Zawiszy Czarnego i Klub Wioślarski „Posejdon”. Z harcerstwem tego okresu silnie związany był błogosławiony ks. Stefan Wincenty Frelichowski, absolwent rocznika 1931.
Działalność w drużynie harcerskiej pozwala młodemu gimnazjaliście realizować młodzieńcze ideały, które znalazły kontynuatorów we współczesnych szeregach młodzieży zrzeszonej w polskich organizacjach harcerskich. 22 lutego 2003r. w Katedrze Polowej Wojska Polskiego w Warszawie odbyły się uroczystości związane z ogłoszeniem błogosławionego ks. phm. Stefana Wincentego Frelichowskiego Patronem Harcerzy Polskich.
Od początku II wojny światowej hitlerowscy najeźdźcy zamierzali na zawsze zlikwidować uczelnię. Gmach zamieniono na koszary. Utworzono tu także Nawigacyjną Szkołę Podchorążych Niemieckiej Marynarki Wojennej. Nauczyciele, absolwenci oraz starsi uczniowie złożyli najwyższą daninę krwi, abyśmy pięć lat później mogli odzyskać wolność. Długoletni dyrektor Antoni Bonin zginął w obozie w Sachsenhausen prawdopodobnie w kwietniu 1940r. 7 września 1939r. ks. St. W. Frelichowski, pełniący wówczas funkcję wikariusza w parafii Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny w Toruniu, został aresztowany przez żołnierzy Wermachtu i osadzony w Forcie VII. Następnie więziony był w Stutthofie, Grenzdorfie, Sachsenhausen i Dachau. Realizując swoje powołanie kapłańskie w warunkach obozowych, otaczał opieką duszpasterską przebywających tam współwięźniów. Zarażony tyfusem zmarł 23 lutego 1945r. Kapitan Mieczysław Szczepański, uczęszczający do szkoły w latach 1930 – 1937, żołnierz września 1939r., polskich sił zbrojnych na Zachodzie i Armii Krajowej, spadochroniarz, „cichociemny” ps. „Dębina” został rozstrzelany 12 kwietnia 1945r. na zamku w Lublinie. Pamięć zamordowanego uczczono przez wmurowanie kamiennej tablicy odsłoniętej 9 września 1995r. Została ona umieszczona w „korytarzyku profesorskim” na wzór tablicy odsłoniętej 18 maja 1989r., upamiętniającej absolwenta szkoły, porucznika Józefa Majewicza oraz wychowanka, starszego sierżanta Bronisława Kowalskiego, którzy zginęli w maju 1944r. pod Monte Cassino. W 1962r., z inicjatywy Związku Nauczycielska Polskiego, pamięć pomordowanych w czasie II wojny światowej chełmżyńskich nauczycieli uczczono poprzez umieszczenie tablicy na kamieniu polnym, znajdującym się w ogródku przy wejściu do szkoły od strony sali gimnastycznej. Hołd poległym i pomordowanym w czasach terroru hitlerowskiego i stalinowskiego został również oddany 1 września 2004r. przez odsłonięcie tablic pamiątkowych umieszczonych na głazach ułożonych w formie otwartej księgi, znajdujących się przed gmachem szkoły. W uroczystości brały udział władze państwowe i samorządowe, społeczność szkolna, rodziny bohaterów oraz mieszkańcy Chełmży.
Po zakończeniu działań wojennych, 7 maja 1945r. lekcje wznowiono, a do pierwszej klasy zgłosiło się stu dwudziestu uczniów. Cztery lata później zmieniono nazwę na Państwową Szkołę Ogólnokształcącą Stopnia Licealnego.
W 1973r., w dwusetną rocznicę powstania Komisji Edukacji Narodowej, szkoła otrzymała jej imię, a rodzice uczniów ufundowali sztandar. Wydarzenie to upamiętnia tablica wmurowana przy wejściu głównym do szkoły.
W 1978r. z ówczesnej Szkoły Podstawowej Nr 1 (obecne Gimnazjum Nr 1) przeniesiono tu Zasadniczą Szkołę Zawodową, a rok później utworzono Zespół Szkół Średnich, w skład którego wchodziło Liceum Ogólnokształcące, Zasadnicza Szkoła Zawodowa, Zasadnicza Szkoła Rolnicza oraz Średnie Studium Zawodowe. 5 maja 1984r., w 60. rocznicę pierwszej polskiej matury, odbył się I zjazd wychowanków gimnazjum i liceum ogólnokształcącego. Na pamiątkę tej uroczystości absolwenci lat 1924 – 1954 ufundowali tablicę, która została wmurowana w „korytarzyku profesorskim”.
W 1991r. dyrektor Janina Nowacka zapoczątkowała partnerską współpracę pomiędzy młodzieżą chełmżyńską a jej rówieśnikami z niemieckiego miasteczka Diez, która trwa do chwili obecnej. Jej celem jest między innymi wzajemne poznanie się, poznanie kraju sąsiada, nauka języka, a także przełamanie uprzedzeń. Podczas jednego z takich spotkań doszło do otwarcia w naszej szkole klubu europejskiego w myśl realizacji hasła Europa XXI wieku.
Ważnym wydarzeniem w historii naszej szkoły była beatyfikacja ks. St. W. Frelichowskiego, dokonana 7 czerwca 1999r. przez papieża Jana Pawła II w Toruniu. Rok później, 13 października 2000r., ks. infułat Zygfryd Urban odsłonił tablicę poświęconą Błogosławionemu, która została ufundowana przez społeczność szkolną i znajduje się w „korytarzyku profesorskim”. W uroczystości wzięła udział pani Marcjanna Jaczkowska, siostra błogosławionego ks. St. W. Frelichowskiego.
Nasza szkoła nieustannie rozwija się. Świadczy o tym chociażby nowoczesne wyposażenie pracowni przedmiotowych, funkcjonowanie trzech sal komputerowych, wprowadzenie nowoczesnych form komunikacji i monitorowania bezpieczeństwa na terenie szkoły. Młodzież ma możliwość kształcenia w różnych typach szkół: w liceum ogólnokształcącym w klasach o profilu matematyczno – informatycznym, humanistycznym, medyczno – przyrodniczym i europejskim, w technikum w zawodach: technik ekonomista, technik obsługi turystycznej i technik handlowiec oraz w zasadniczej szkole zawodowej m.in. w zawodach: sprzedawca, kucharz, kucharz małej gastronomii, fryzjer, mechanik pojazdów samochodowych. Powołano także Szkołę Policealną dla Dorosłych, w której można zdobyć zawody: technik ekonomista, technik – informatyk, technik administracji i technik obsługi turystycznej. Wyżej wymienione szkoły wchodzą w skład Zespołu Szkół, który powstał 1 września 2002r. Szkoła otwarta jest na potrzeby środowiska i zabiega o umożliwienie kształcenia na poziomie wyższym. Stała się ośrodkiem kształcenia na odległość uczelni Collegium Varsoviense i Warszawskiej Wyższej Szkoły Ekonomicznej.
Jednak jedyną rzeczą pozostającą tu niezmienną jest właśnie historia, której teraz my jesteśmy twórcami.